Un científico recupera las secuencias genéticas del coronavirus eliminadas en secreto el año pasado en Wuhan

La búsqueda del origen del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de casi 3,9 millones de muertes en todo el mundo, se ha visto obstaculizada en gran medida por la falta de acceso a la información de China, donde aparecieron los primeros casos.

Ahora, un investigador de Seattle ha desenterrado archivos borrados de Google Cloud que revelan 13 secuencias genéticas parciales de algunos de los primeros casos de COVID-19 en Wuhan, informó Carl Zimmer para The New York Times.

Las secuencias no inclinan la balanza a favor o en contra de una de las muchas teorías sobre cómo surgió el SARS-CoV-2: no sugieren que el virus se filtrara desde un laboratorio de alta seguridad en Wuhan, ni tampoco que se tratara de un evento de propagación natural. Pero sí confirman la idea de que el nuevo coronavirus ya circulaba antes del primer gran brote en un mercado de marisco.

Un informe desclasificado de los servicios de inteligencia de EE.UU. no halla pruebas de una "fuga de laboratorio" de coronavirus del instituto de Wuhan

La vacuna Pfizer funciona contra la mutación del coronavirus en las variantes del Reino Unido y el sur de África

14 mitos sobre el coronavirus desmontados por la ciencia

Para determinar exactamente cómo y dónde se originó el virus, los científicos necesitan encontrar el llamado virus progenitor, aquel del que descienden todas las demás cepas. Hasta ahora, las primeras secuencias son principalmente las muestreadas en los casos del mercado de mariscos de Huanan en Wuhan, que inicialmente se pensó que era donde el nuevo coronavirus surgió por primera vez a finales de diciembre de 2019. Sin embargo, los casos de principios de diciembre y hasta noviembre de 2019 no tenían ninguna relación con el mercado, lo que indica en una fase bastante temprana de la pandemia que el virus surgió de otro lugar.

Había un problema persistente con esas primeras secuencias genéticas. Las de los casos encontrados en el mercado incluyen tres mutaciones que faltan en las muestras de virus de los casos que aparecieron semanas después fuera del mercado. Los virus a los que les faltaban esas tres mutaciones coincidían más con los coronavirus encontrados en los murciélagos de herradura. Los científicos están relativamente seguros de que el nuevo coronavirus surgió de alguna manera de los murciélagos, por lo que es lógico suponer que el progenitor también carecería de esas mutaciones.

Y ahora, Jesse Bloom, del Instituto Médico Howard Hughes de Seattle, ha descubierto que las secuencias eliminadas -probablemente algunas de las primeras muestras- también carecían de esas mutaciones. (Bloom es el autor principal de una carta publicada en mayo en la revista Science en la que se insta a realizar una investigación imparcial sobre los orígenes del coronavirus, informó Live Science).

"Son tres pasos más parecidos a los coronavirus de los murciélagos que los virus del mercado de pescado de Huanan", declaró Bloom a The New York Times. Estos nuevos datos apuntan a que el virus circulaba en Wuhan mucho antes de aparecer en el mercado de marisco, dijo Bloom.

"Este hecho sugiere que las secuencias del mercado, que son el foco principal de la epidemiología genómica en el informe conjunto de la OMS y China... no son representativas de los virus que estaban circulando en Wuhan a finales de diciembre de 2019 y principios de enero de 2020", escribió Bloom en su artículo subido el 22 de junio a la base de datos de preimpresión bioRxiv.

Según Zimmer, hace aproximadamente un año desaparecieron 241 secuencias genéticas de pacientes con coronavirus de una base de datos en línea llamada Sequence Read Archive que mantienen los Institutos Nacionales de Salud (NIH).

Bloom se dio cuenta de las secuencias que faltaban cuando encontró una hoja de cálculo en un estudio publicado en mayo de 2020 en la revista PeerJ en la que los autores enumeran 241 secuencias genéticas del SARS-CoV-2 hasta finales de marzo de 2020; las secuencias formaban parte de un proyecto de la Universidad de Wuhan llamado PRJNA612766 y supuestamente se habían subido al Sequence Read Archive. Buscó las secuencias en la base de datos del archivo y obtuvo el mensaje "No se han encontrado elementos", escribió Bloom en el artículo de bioRxiv, que no ha sido revisado por pares.

11 enfermedades (a veces) mortales que saltan de una especie a otra

Sus pesquisas revelaron que las secuencias eliminadas habían sido recogidas por Aisu Fu y el Hospital Renmin de la Universidad de Wuhan, y una preimpresión de la investigación publicada a partir de esas secuencias (referida como Wang et al. 2020) sugería que procedían de muestras de hisopos nasales de pacientes ambulatorios con sospecha de COVID-19 al principio de la epidemia.

Bloom no pudo encontrar ninguna explicación de por qué se habían eliminado las secuencias, y sus correos electrónicos a los dos autores correspondientes para preguntar no recibieron respuesta.

"No hay ninguna razón científica plausible para la supresión: las secuencias son perfectamente concordantes con las muestras descritas en Wang et al. (2020a,b)", escribió Bloom en bioRxiv. "No hay correcciones en el artículo, el artículo afirma que se obtuvo la aprobación de los sujetos humanos, y la secuenciación no muestra evidencia de contaminación de plásmidos o de muestra a muestra. Por lo tanto, parece probable que las secuencias se hayan eliminado para ocultar su existencia".

Bloom señala varias limitaciones de su estudio, principalmente que las secuencias son sólo parciales y no incluyen información que permita conocer la fecha o el lugar de recogida, información crucial para rastrear el virus hasta su origen.

En cualquier caso, Bloom cree que un examen más profundo de los datos archivados por los NIH y otras organizaciones -y la unión de las secuencias- podría ayudar a esbozar una imagen más clara tanto del origen como de la propagación temprana del SARS-CoV-2, todo ello sin necesidad de realizar estudios sobre el terreno en China.

Lea más sobre las secuencias eliminadas en The New York Times.